A limpeza e desinfecção da caixa de gordura deve ser feita para que os microorganismos que chegam nela não se tornem uma ameaça à saúde.

É muito importante que se faça a limpeza e desinfecção da caixa de gordura periodicamente, já que dentro da caixa de gordura acumula-se toda a gordura que vem da pia, formando placas que além de entupir a própria caixa de gordura ainda pode entupir o ramal da pia da cozinha e também o ramal de esgoto, por vezes causando até o mau cheiro.

A desinfecção é feita em conjunto à limpeza, e deixa a caixa ou reservatório completamente limpos por vários meses, não só de impurezas, mas também de microorganismos prejudiciais à saúde.